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玉米PIKK非典型蛋白质激酶家族的生物信息学分析(2)

时间:2020-11-11 18:01来源:毕业论文
2 材料与方法 2。1 序列检索、染色体分布和基因结构分析 以人类PIKK蛋白序列在玉米基因组注释数据库中(http//:www。maizegdb。org/)进行比对搜索,选取E值10

2  材料与方法

2。1  序列检索、染色体分布和基因结构分析

以人类PIKK蛋白序列在玉米基因组注释数据库中(http//:www。maizegdb。org/)进行比对搜索,选取E值≤10-10的序列作为候选序列。从MaizeGDB网站下载基因组、CDS以及蛋白质氨基酸序列,并获得基因的基本信息。利用MapChart软件绘制染色体分布图。

将基因CDS和基因组序列输入Gene Structure Display Server (GSDS)服务器(http://gsds。cbi。pku。edu。cn/)获取PIKK基因结构图。

2。2  蛋白质等电点和亚细胞定位分析

利用ProParam程序(http://web。expasy。org/protparam/)预测蛋白质等电点和分子量,采用WoLF PSORT网站(http://wolfpsort。org/)进行亚细胞定位分析。

2。3 表达分析

以玉米PIKK基因的CDS序列在NCBI EST数据库进行Blastn搜索,取匹配率大于95% 、长度大于200bp且E≤10-10的结果作为对应的EST序列,对序列联配的结果按组织器官的来源进行分类,从而获得玉米的PIKK基因的表达信息。以玉米PIKK基因座位号在玉米RNAseq数据库(https://mpss。udel。edu/dbs/index。php?SITE=maize_RNAseq)中检索,获取玉米RNAseq表达信息。

玉米PIKK非典型蛋白质激酶家族的生物信息学分析(2):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_64616.html
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