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蓖麻MFT基因家族生物信息学分析(3)

时间:2019-09-20 13:05来源:毕业论文
4.2蓖麻及其他物种MFT基因家族成员及相关信息 MFT-like亚族属于PEBP基因家族的成员之一,在之前的研究中,除了蓖麻之外,已经得到葡萄、拟南芥、草莓、


4.2蓖麻及其他物种MFT基因家族成员及相关信息
MFT-like亚族属于PEBP基因家族的成员之一,在之前的研究中,除了蓖麻之外,已经得到葡萄、拟南芥、草莓、小桐子、花生、玉米、小麦等等物种的MFT类基因家族的序列,详细信息请见下表(表1)。
表1    蓖麻与其它物种MFT类基因家族相关信息
物种名称    物种拉丁学名    基因名称    NCBI登录号    编码蛋白长度
蓖麻    Ricinus communis L    RcPEBP1    XP002510818.1    169
        RcPEBP2    XP00252873.1    173
        RcPEBP3    XP002524698.1    161
        RcPEBP4    XP002514784.1    174
        RcPEBP5    XP002528554.1    173
葡萄    Vitis vinifera    VvMFT    NM_001281006.1    175
玉米    Zea mays    ZmMFT    NM_001159241.1    171
草莓    Fragaria x ananassa    FaMFT    KM435239    172
花生    Arachis hypogaea    AhMFT    JQ071509    176
小麦    Triticum aestivum    TaMFT    AB571513    175
拟南芥    Arabidopsis thaliana    AtMFT    AF147721    173
小桐子    Jatropha carcas    JcMFT1    KJ130143    172
小桐子    Jatropha carcas    JcMFT2    KJ130144    175
一粒小麦    Triticum monococcum    TmMFT    AB456687    175

4.3蓖麻MFT基因家族保守位点分析
根据之前的研究可以知道,与FT蛋白的Tyr和TFL1蛋白的His 氨基酸位点不同,MFT 类蛋白在类似的位点为保守的 Trp氨基酸, 如下图(图2)所示,第一个红色箭头所指示的氨基酸,同时,在 MFT 类蛋白的 C 端,也有一个保守的 Pro 位点,如下图所示第二个红色箭头所示,但是在 FT 类蛋白和 TFL1 类蛋白中则没有这个 Pro 位点,这暗示着在植物发育过程中,MFT蛋白可能发挥着与FT、TFL1不一样的功能[8]。从下图的保守位点分析结果中,我们可以知道,RcMFT3既具有保守的Trp又具有Pro位点,而RcPEBP1、RcPEBP2、RcPEBP4、RcPEBP5仅仅具有一个保守的Trp氨基酸位点,因此可以确定正确的蓖麻MFT序列应该是RcPEBP3,而不是其他四个序列。
此外,由下面的MFT类蛋白序列比对结果可以得知,MFT蛋白与小麦、拟南芥、玉米、花生、草莓等的MFT蛋白的序列一致度相当高,可以推测出MFT类蛋白在植物界是一类比较保守的蛋白质。 蓖麻MFT基因家族生物信息学分析(3):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_39609.html
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