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水稻和拟南芥RIO非典型蛋白质激酶家族的生物信息学分析(3)

时间:2020-12-02 20:04来源:毕业论文
通过BLASTP比对搜索,共鉴定出拟南芥基因组中3个RIO基因,基本信息见表1。根据这3个基因在染色体上的位置,系统命名为AtRIO-1~AtRIO-3。AtRIO-2蛋白长度最短

通过BLASTP比对搜索,共鉴定出拟南芥基因组中3个RIO基因,基本信息见表1。根据这3个基因在染色体上的位置,系统命名为AtRIO-1~AtRIO-3。AtRIO-2蛋白长度最短,仅461 aa,AtRIO-1蛋白长度最长,为537 aa。蛋白质等电点分析表明,3个蛋白均为为酸性蛋白。基因转录方向均为正向。亚细胞定位预测表明,3个蛋白均分布在其它位点。

表1  水稻和拟南芥RIO基因的基本信息

基因 座位号 染色体 外显子数 蛋白质氨基酸数 蛋白质分子量(Da) 预测的等电点 转录

方向 亚细胞

定位

OsRIO-1 Os01g66520 1 13 492 55287.7 4.969 正向 其他位点

OsRIO-2 Os07g06820 7 14 525 60117.1 9.4327 反向 叶绿体

AtRIO-1 At2g24990 2 12 537 61081.1 5.1873 正向 其他位点

AtRIO-2 At3g51270 3 13 461 53020.0 4.9594 正向 其他位点

AtRIO-3 At5g37350 5 12 531 60319.5 5.4865 正向 其他位点

3.2  RIO基因染色体分布及复制事件

通过基因组检索,确定了OsRIO和AtRIO基因在染色体上的位置,并利用MapChart软件绘制分布图(图1)。其中,OsRIO-1和OsRIO-2基因分别分布于水稻1号和7号染色体上。AtRIO-1、AtRIO-2和AtRIO-3基因分别分布于拟南芥2号、3号和5号染色体上。基因复制分析表明,没有基因起源于串联重复事件。

水稻和拟南芥RIO非典型蛋白质激酶家族的生物信息学分析(3):http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_65564.html
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