水稻Trihelix转录因子家族基因的全基因组分析

摘要：Trihelix转录因子家族在植物抗逆境和生长发育等方面发挥了重要作用。本文利用公布的水稻全基因组草图数据，采用生物信息学方法对水稻全基因组Trihelix家族基因的结构、系统进化关系、保守结构域、在不同组织中表达情况以及其根茎组织对不同激素的响应和Trihelix转录因子家族在水稻、短柄草、拟南芥和高粱中的亲缘关系进行了详细的分析。结果表明：水稻共有30个Trihelix类型基因，其蛋白长度在89aa至725aa之间，Trihelix基因从基因结构上具有较高的同源性，均含有特异性保守结构域。此外，在水稻染色体进行复制时不同染色体上的Trihelix基因存在一定的线性关系，表明水稻染色体之间发生了部分复制。另外，该家族基因在水稻的不同组织中均有表达，且其在根茎组织中的表达情况还受不同激素的影响。故对水稻Trihelix类型基因的系统分析，为进一步研究水稻Trihelix转录因子家族的克隆和功能奠定了基础。54031

毕业论文关键词：水稻；Trihelix转录因子家族；生物信息学

Abstract: Trihelix transcription factor family plays an important role in the process of anti-stress and growing development in plant. In our study, rice genome data were collected from rice genome sequencing database. The structure, evolution relation, conserved motifs, tissue expression, and the response to root, stem tissue’s expression in different hormones and the homologous relationship of Trihelix transcription factor family among rice, Brochypodium distachyon and Sorghum bicolor were researched by bioinformatics method including the softewares and the website databases. The results show 30 trihelix genes were identified in rice genome and protein amino acid number is between 89aa and 725aa. Trihelix genes have high conserved motif and have a certain linear relationship between different chromosomes. In addition, this gene family can express in different tissue of rice and different hormones have an effection on its expression in root and stem. So our study will lay a foundation for deep research of the function analysis of Trihelix genes.

Keyword: Rice; Trihelix transcription factor family; Bioinformatics

1 引言 5

2 材料与方法 7

2.1 植物Trihelix超家族转录因子的鉴定 7

2.2 蛋白序列的比对和水稻Trihelix蛋白系统发生的进化树构建 7

2.3 Trihelix保守结构域的鉴定和分析 8

2.4 Trihelix转录因子家族在水稻，段炳草，高粱中的同源性分析 8

2.5 水稻Trihelix转录因子家族的组织表达分析以及根茎组织对于不同激素的响应 8

3 结果与分析 8

3.1 水稻Trihelix转录因子家族的鉴定 8

3.2 水稻Trihelix转录因子家族的进化分析 11

3.3 水稻Trihelix家族全长蛋白的结构性分析 12

3.4 水稻Trihelix转录因子家族染色体复制分析 14

3.5 Trihelix转录因子超家族在水稻不同组织中的表达模式分析 16

3.6 水稻Trihelix转录因子家族的根茎组织对于六种不同植物激素的响应机制 17

4 结论 19

参考文献(Reference): 20

致谢水稻Trihelix转录因子家族基因的全基因组分析:http://www.youerw.com/shengwu/lunwen_58227.html