对象： 若干window，linux服务器机器，可以通过Tunnelier或者putty打通。
监控： 指定文件夹中是否有新文件出现，最新更新时间是不是一个小时之内的。
怎么什么实现好呢？
如果是 Windows 可以用 FileSystemWatcher，它是用 win32 api 实现的，几乎不占资源。Linux 就不清楚了，如果一定要使用 .NET 实现可以考虑 Mono，参考链接：
http:-//stackoverflow.-com/questions/324258/is-there-an-equivalent-to-the-net-filesystemwatcher-in-the-linux-world
http:-//stackoverflow-.com/questions/5727652/does-net-filesystemwatcher-work-with-mono-on-mac-os
我不太明白你说的 用 Tunnelier 或 Putty 做什么？是想在 linux 开放 ssh，windows 远程连接过去监控？
整体来说就两个方案：
A：一台机器上安装软件，配置监控哪些机器，通过什么方式连接。
B：每台机器安装一个软件，只监控本机的变化，有变化时通知主服务器。